25 lipca 1856 przybył do Odessy, gdzie dołączyła do niego najbliższa rodzina – żona, babka i córka. Zamieszkali razem w Charkowie, gdzie Traugutt został skarbnikiem i egzekutorem komisji ds. likwidacji spraw i rachunków głównego sztabu i intendentury byłej Drugiej Armii. 28 kwietnia 1857 roku to data narodzin drugiej córki oficera. Otrzymała ona imię Alojza, na cześć matki Romualda. W 1858 został skierowany do sztabu cesarskiego w dziale inżynierii. Wiązało się to z koniecznością zamieszkania w Petersburgu. Tam też podjął się prowadzenia wykładów w wyższej szkole wojskowej. 1 stycznia 1859 roku za wcześniejsze sukcesy i sumienną pracę otrzymał kolejne wyróżnienie – został odznaczony Orderem św. Anny III klasy. W tym samym roku jego żona powiła bliźnięta – chłopca i dziewczynkę. Radość zakłóciła śmierć babki, Justyny, która zmarła w listopadzie 1859. Kolejny rok to seria ciosów dla Traugutta – kolejno zmarli jego najbliżsi: najmłodsza córka (październik 1859), żona Anna (1 stycznia 1860) oraz najmłodszy syn (maj 1860). Po tych wydarzeniach przeżył załamanie nerwowe, pragnąc dojść do siebie wyjechał do majątku w Białej, pozostającego w rękach siostry, Alojzy Juszkiewiczowej. Później przejął majątek pozostawiony mu przez zmarłego ojca chrzestnego w Ostrowiu i Zabawie.

W tym samym roku poznał Antoninę Kościuszkównę, blisko spokrewnioną z Tadeuszem Kościuszką. Wkrótce poprosił ją o rękę i 13 czerwca 1860 wzięli ślub w Kłopcinie. W tym czasie Traugutt nosił się już decyzją o konieczności zakończenia służby w wojsku carskim. Był w ogólnie złej kondycji fizycznej. Pojawiły się też pogłoski o zbliżającym się wybuchu powstania narodowowyzwoleńczego. 14 czerwca 1862 Romuald Traugutt został zwolniony z armii rosyjskiej. Dosłużył się stopnia podpułkownika. Zachował prawo do noszenia munduru i otrzymywał roczną pensję w wysokości 230 rubli srebrnych. W tym samym czasie w Kobryniu zmarł dwuletni syn Traugutta, Roman.