Do czasu proklamowania powstania na Litwie (marzec 1863), Traugutt nie wyrażał chęci brania udziału w życiu politycznym. W poglądach zbliżony był jednak do stronnictwa białych, choć działania przez niego podejmowane odzwierciedlały raczej program czerwonych. Gdy powstanie wybuchło, sąsiedzi z Ostrowia namawiali go do objęcia komendy nad lokalnymi oddziałami. Traugutt nie był pośród nich szczególnie popularną osobą, ale większość znała jego dawne zasługi wojenne. Przez długi czas odmawiał przystąpienia do powstania styczniowego. Wszedł do walki w kwietniu 1863 roku. Objął dowództwo nad oddziałem kobryńskim, z którym m.in. urządził 17 maja udaną zasadzkę na oddział rosyjski pod Horkami. Stoczył jeszcze kilka potyczek. Ostatnia miała miejsce 13 lipca pod Kołodnem i zakończyła się porażką. W lipcu 1863 przebywał w majątku Elizy Orzeszkowej pod Kobryniem. Później Traugutt postanowił udać się do Warszawy.