Traugutt został aresztowany przez rosyjską policję w nocy z 10 na 11 kwietnia 1864 w swojej warszawskiej kwaterze (został wydany przez Artura Goldmana). Początkowo przetrzymywany był na Pawiaku, a później więziono go w X Pawilonie Cytadeli Warszawskiej. Próbowano wydobyć z niego informacje dotyczące dowództwa powstania, jednak Traugutt nie wydał nikogo. W czasie jednego z przesłuchań miał wypowiedzieć słynne zdanie:

Idea narodowości jest tak potężną i czyni tak wielkie postępy w Europie, że ją nic nie pokona.

19 lipca Audytoriat Polowy wydał wyrok. Traugutt został zdegradowany i skazany na karę śmierci. Wyrok wykonano przez powieszenie w okolicy Cytadeli Warszawskiej 5 sierpnia 1864 w Parku Traugutta koło Fortu Legionów o 10 rano. Wraz z nim stracono Rafała Krajewskiego, Józefa Toczyskiego, Romana Żulińskiego i Jana Jeziorańskiego. Pierwszy krzyż i istniejący do dziś pamiątkowy głaz ustawiono tutaj już w 1916 r. Cztery lata później - o czym informuje napis na drugim kamieniu - pochowano tu pięć znalezionych w pobliżu czaszek. Dzisiejszy wygląd miejsce to zawdzięcza warszawskim rzemieślnikom z Cechu Krawców i Rzemiosł Włókienniczych, którzy w 1971 r. sfinansowali budowę murków i schodów. Ostatnim gestem przed śmiercią było ucałowanie krzyża podczas gdy zebrany trzydziestotysięczny tłum śpiewał pieśń Święty Boże.